O tejto pomôcke
Učebná pomôcka je zameraná na získanie poznatkov a orientáciu sa študenta v oblasti biomedicínskych a bioinformatických databáz. Jej cieľom je priblížiť základné princípy pre prácu s databázami genomických a nukleotidových sekvencií, proteínových sekvencií, proteínových 3D štruktúr; s databázami genetickej variability a referenčných genómov; s databázami biochemických dráh či molekulových interakcií. Pozornosť sa venuje aj databázam bibliografických zdrojov z oblasti biomedicínskych vied.
Prehľad tém
Projekt ľudského genómu je jedným z najväčších vedeckých počinov v histórii.
Sekvenovanie DNA poskytlo veľké množstvo dát a vytvorilo potrebu bioinformatických databáz.
Pre orientáciu sa v databázach je dôležité mať základné informáciame a ovládať terminológiu.
Na základe typu uchovávaných dát môžeme databázy rozdeliť do niekoľkých základných skupín.
Databázy obsahujúce informácie o primárnych štruktúrach (sekvenciách) nukleových kyselín a proteínov.
Bibliografická databáza je úložisko bibliografických alebo publikačných záznamov.
Špecializované databázy zhromažďujú rôzne druhy biologických dát, napríklad biochemických dráh či 3D štruktúr.
Národné centrum pre biotechnologické informácie poskytuje prístup k biomedicínskym a genomickým dátam.
EMBL-EBI predstavuje interdisciplinárnu databázu otvorených dát v biologických vedách.
UniProt je popredný, komplexný a voľne dostupný zdroj proteínových sekvencií a funkčných informácií.
BLAST je jedným z najčastejšie používaných nástrojov na vyhľadávanie sekvencií, ktoré sú si navzájom podobné.