Databázu EMBL-EBI (https://www.ebi.ac.uk) spravuje Európsky inštitút pre bioinformatiku (EBI), ktorý je súčasťou Európskeho laboratória molekulárnej biológie/European Molecular Biology Laboratory (EMBL). EMBL-EBI so sídlom vo Wellcome Genome Campus v Hinxtone vo Veľkej Británii je jedným zo šiestich pracovísk Európskeho laboratória molekulárnej biológie (EMBL), jedinej medzivládnej organizácie pre biologické vedy v Európe, ktorej výskumná infraštruktúra a služby podporujú špičkovú vedu na celom svete.
EMBL-EBI poskytuje komplexný balík molekulárnych databáz spolu s databázou plnotextovej literatúry pre biologické vedy („Europe PubMed Central (Europe PMC)“), bezplatným informačným zdrojom, ktorý ponúka neobmedzený prístup k miliónom textových publikácií. Európsky bioinformatický inštitút (EMBL-EBI) je jednou z troch organizácií na celom svete, ktorá poskytuje bezplatný prístup ku komplexným integrovaným súborom molekulárnych údajov.

EMBL-EBI je pravdepodobne svetovým unikátom vďaka svojmu rozsahu dátových zdrojov a nástrojov, ktoré zahŕňajú všetko od DNA a proteínových sekvencií až po komplexné dráhy a siete.

EBI Search

Predstavuje textový vyhľadávací nástroj, ktorý poskytuje jednoduchý a jednotný prístup k zdrojom biologických údajov, ktoré sú hosťované v Európskom inštitúte pre bioinformatiku (EMBL-EBI). Pomocou tohto nástroja je možné vyhľadávať a získavať množstvo jednotlivých zdrojov údajov, rozdelených do tematických kategórií.Napríklad v kategórii nukleotidové sekvencie, sú zastúpené všetky súbory údajov ENA spolu s údajmi z RNAcentral; v kategórii proteínové sekvencie, predstavujú dostupný zdroj databázy UniprotKB a UniParc. V kategórii Génomy sú to napríklad informácie z databázy Ensembl a Ensembl Genomes. K dispozícii sú rôzne online služby a nástroje, ako napríklad (Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)) alebo (Clustal Omega) nástroj na zarovnanie sekvencií, ktoré umožňujú ďalšiu analýzu údajov.
Pre nájdenie relevantnej informácie zadávame do vyhľadávacích polí EBI akýkoľvek zmysluplný výraz, napríklad prístupové čísla/identifikátory, génové symboly, rôzne kľúčové slová. Pre komplexnejšie dotazy môžeme využiť rozšírené vyhľadávanie a využiť booleovské operátory a špeciálne znaky pre spresnenie vyhľadávania (https://www.ebi.ac.uk/ebisearch/documentation#query-syntax).

EBI Search

Dátové zdroje dostupné prostredníctvom EBI Search (Zdroj: Squizzato et al. 2015).

Stránka s výsledkami vyhľadávania je usporiadaná do troch hlavných stĺpcov: vľavo je súhrn výsledkov podľa kategórie/domény s dostupnými aspektmi zobrazenými pod nimi; v strede je zoznam výsledkov vyhľadávania; vpravo sú zobrazené súvisiace údaje a alternatívne zobrazenia. V ľavom stĺpci môžeme filtrovať výsledky vyhľadávania podľa vybranej kategórie alebo domény (obrázok 94). Po použití filtrov sa môžu zobraziť tlačidlá na rôzne operácie, napríklad na uloženie výsledkov alebo odoslanie výsledkov do nástroja, či zobrazenie možnosti vytvorenia upozornenia.

Výsledky vyhľadávania pomocou EBI-SEARCH

Pri ďalšom štúdiu tejto témy využi i multimediálny manuál dostupný na e-learningový kurz.